مساجد تاریخی ایران، تجلی کامل هنر و معماری اسلامی هستند و مسجد صفا اصفهان نمونه‌ای ارزشمند از این میراث به شمار می‌آید. طراحی این بنا با ترکیب هندسه دقیق، طاق‌های متناسب و حیاط مرکزی، فضایی روحانی و آرام ایجاد کرده است. معماری آن بر اساس سنت مساجد چهارایوانی اصفهان شکل گرفته و تلفیقی از عملکرد عبادی و زیبایی هنری را به نمایش می‌گذارد.
ویژگی مهم در این اثر، هماهنگی میان ساختار سازه‌ای و جزئیات تزئینی است. قوس‌های متوالی، ایوان مرتفع و شبستان‌های اطراف حیاط به‌گونه‌ای طراحی شده‌اند که نور طبیعی و تهویه هوا به بهترین شکل تامین شود. این ترکیب هوشمندانه باعث شده که مسجد نه تنها مکانی برای عبادت باشد، بلکه در شکل‌گیری هویت شهری اصفهان نیز نقشی مؤثر ایفا کند.