معماری قلعه رستم نمایانگر تلفیقی از استحکام دفاعی و زیبایی‌شناسی سنتی منطقه سیستان است. ساختار این بنا با دیوارهای بلند و برج‌های استوانه‌ای شکل، امنیت کامل را در برابر تهدیدات گذشته فراهم می‌کرد. استفاده از مصالح بومی چون خشت و آجر، همخوانی چشم‌گیری با اقلیم گرم و خشک منطقه ایجاد کرده است. در طراحی حیاط مرکزی، جریان طبیعی هوا و سایه‌اندازی برای کاهش دما به‌خوبی رعایت شده است. برج‌های چهارگوش و گرد، هرکدام نقش استراتژیک در دیدبانی و حفاظت ایفا می‌کردند. ورودی اصلی با مسیر مستقیم به فضای باز مرکزی، حس شکوه و اقتدار را منتقل می‌کند. چینش فضاهای خدماتی و اقامتی به گونه‌ای است که هم کارکرد نظامی و هم زندگی روزمره را پشتیبانی کند. این معماری نمونه‌ای ارزشمند از هوش مهندسی و هنری گذشتگان در منطقه سیستان به شمار می‌رود.